基本的な仕組みは、消費者、市町村（自治体）、特定事業者（容器や包装を製造したり利用する事業者）がそれぞれの役割を担うことにあります。

<<指定法人>>
容器包装リサイクル法の円滑な運用を図るため、指定法人（公益財団法人日本容器包装リサイクル協会）が設けられています。指定法人ルートは特定事業者自らが再商品化を行うかわりに、再商品化委託料を支払うことで再商品化義務を履行する仕組みです。
指定法人は容器包装リサイクル法で定められた指定品目に対し、市町村と分別基準適合物の引取契約を結び、特定事業者から預けられた再商品化委託料を財源に、再商品化事業者を入札により選定し、再商品化費用を支払います。

容器包装リサイクル法の改正により、特定事業者が支払う再商品化委託料は、容リ法創設当初からの「再商品化実施委託料」に、新たな「再商品化拠出委託料」が加わり、２本立てとなりました。
再商品化実施委託料は市町村から引き渡された分別収集適合物の再商品化のための費用として使用されます。公益財団法人日本容器包装リサイクル協会にプールされた資金は再商品化事業者に支払われます。
再商品化拠出委託料は再商品化が合理化・効率化されたことに対する市町村の貢献度に応じ、市町村への合理化拠出金として使用されます。公益財団法人日本容器包装リサイクル協会にプールされた資金は市町村に分配されます。

公益財団法人日本容器包装リサイクル協会（以下、指定法人）ルートでは、再商品化の入札は再商品化事業者が指定法人から費用を受取って再商品化を受託する方式（いわゆる逆有償入札）が基本です。ところが、近年、廃ＰＥＴボトルが市場で高値取り引きされるレベルになったことから、平成18年度より、指定法人ルートにおいても、再商品化事業者が指定法人にお金を支払って再商品化を受託する方式（いわゆる有償入札）を認めることになりました。
通常の逆有償入札で再商品化がおこなわれる場合は、従来通り市町村は廃ＰＥＴボトルを指定法人に無償引き渡しをおこないますが、有償入札で再商品化がおこなわれる場合は、再商品化事業者が指定法人に支払った資金は、廃ＰＥＴボトルを指定法人ルートに引き渡した市町村に還元されます。

■有償分拠出金

再商品化事業者が指定法人に「有償入札」をした場合、再商品化の実施後に、再商品化事業者から指定法人に有償分のお金が支払われます。指定法人はこの収入を一旦まとめて、消費税相当額を除く全額を、引き渡し量と落札単価に基づいて各々の該当する市町村へ拠出します。

使用済みＰＥＴボトルに市場原理が働いたのが原因と見られます。使用済みＰＥＴボトルを海外業者が高い価格で引き取るため、分別収集されたＰＥＴボトルについても、海外に流出する事例が増えています。
このため、国内の再商品化事業者に引渡す原料が不足し、彼らの経営が困難になるという事態を招きました。国が掲げる循環型社会の構築は、国内の再商品化事業者の存在なくしては成り立ちません。
容器包装リサイクル法の改正で、「再商品化のための円滑な引渡し等に係る事項」が基本方針に追加され、国の方針が明らかになりました。当推進協議会においても、市町村に、「円滑な引渡しに関するお願い文書」を発信しています。

使用済みＰＥＴボトルの有償化は国内での再商品化手法の確立に加え、中国など海外からの旺盛な需要が働いたためです。2008年後半からの世界同時不況により、輸出・国内とも一時的に取引価格が暴落しましたが、その後は回復基調にあります。価格変動は市況次第となりますが、需給バランスから見て、有償化は今後も続くと考えられます。

改正容器包装リサイクル法（2006年6月公布）に新設された「市町村に対する金銭の支払」（第10条の2）のことです。平成20年4月に施行されました。
事業者や市町村、消費者が連携して、社会全体としてリサイクル（再商品化）の合理化・効率化に取り組むという考えに基づき、効率化が図られた場合は、その成果を事業者から市町村に拠出する、という連携の仕組みと言えます。

■再商品化合理化拠出金

再商品化に実際にかかった費用があらかじめかかるであろうと想定されていた額を下回った場合に、その差額の1/2に相当する金額が特定事業者から市町村へ再商品化合理化拠出金として拠出されます。拠出金のうち、その1/2は品質の優良な市町村に支払われ、1/2は費用の低減に貢献した市町村に支払われます。