基本的な仕組みは、消費者、市町村（自治体）、特定事業者（容器や包装を製造したり利用する事業者）がそれぞれの役割を担うことにあります。

<<指定法人>>
容器包装リサイクル法の円滑な運用を図るため、指定法人（公益財団法人日本容器包装リサイクル協会）が設けられています。指定法人ルートは特定事業者自らが再商品化を行うかわりに、再商品化委託料を支払うことで再商品化義務を履行する仕組みです。
指定法人は容器包装リサイクル法で定められた指定品目に対し、市町村と分別基準適合物の引取契約を結び、特定事業者から預けられた再商品化委託料を財源に、再商品化事業者を入札により選定し、再商品化費用を支払います。

容器包装リサイクル法の改正により、特定事業者が支払う再商品化委託料は、容リ法創設当初からの「再商品化実施委託料」に、新たな「再商品化拠出委託料」が加わり、２本立てとなりました。
再商品化実施委託料は市町村から引き渡された分別収集適合物の再商品化のための費用として使用されます。公益財団法人日本容器包装リサイクル協会にプールされた資金は再商品化事業者に支払われます。
再商品化拠出委託料は再商品化が合理化・効率化されたことに対する市町村の貢献度に応じ、市町村への合理化拠出金として使用されます。公益財団法人日本容器包装リサイクル協会にプールされた資金は市町村に分配されます。

公益財団法人日本容器包装リサイクル協会（以下、指定法人）ルートでは、再商品化の入札は再商品化事業者が指定法人から費用を貰って再商品化を受託する方式（いわゆる逆有償入札）が基本です。ところが、使用済みＰＥＴボトルが市場で高値取り引きされる様になったことから、2006年度より、指定法人ルートにおいても、再商品化事業者が指定法人に代金を支払って再商品化受託する方式（いわゆる有償入札）を認めることになりました。
通常の逆有償入札で再商品化がおこなわれる場合は、従来通り市町村は分別基準適合物を指定法人に無償引き渡しをおこないますが、有償入札で再商品化がおこなわれる場合は、再商品化事業者が指定法人に支払った代金は、分別基準適合物を指定法人ルートに引き渡した市町村に還元されます。

■有償分拠出金

再商品化事業者が指定法人に「有償入札」をした場合、再商品化の実施後に、再商品化事業者から指定法人に有償分のお金が支払われます。指定法人はこの収入を一旦まとめて、消費税相当額を除く全額を、引き渡し量と落札単価に基づいて各々の該当する市町村へ拠出します。

使用済みＰＥＴボトルに市場原理が働いたのが原因と見られます。使用済みＰＥＴボトルを海外業者が高い価格で引き取るため、分別収集されたＰＥＴボトルについても、海外に流出する事例が増えています。
このため、国内の再商品化事業者に引渡す原料が不足し、彼らの経営が困難になるという事態を招きました。国が掲げる循環型社会の構築は、国内の再商品化事業者の存在なくしては成り立ちません。
容器包装リサイクル法の改正で、「再商品化のための円滑な引渡し等に係る事項」が基本方針に追加され、国の方針が明らかになりました。当推進協議会においても、市町村に、「円滑な引渡しに関するお願い文書」を発信しています。

日本のPETボトル再生フレークは資源としての価値が国際的にも高く評価され、再商品化手法も多岐にわたり、国内国外を通じ需要は旺盛です。指定法人ルートのPETボトル落札価格も、2006年度以降、有償基調が続いています。ボトルtoボトルの伸展など更なる需要の拡大も見込まれることから、中長期的視点で見ると今後とも有償化は続くものと思われます。
しかし、2012年度から容リ協会が、市場価格変動がもたらすリスク回避のため、指定法人ルートの入札回数を年1回から年2回に変更する暫定措置を取らざるを得なくなるなど、主として海外に起因する短期的な市場価格変動についての予測は困難といえます。

改正容器包装リサイクル法（2006年6月公布）に新設された「市町村に対する金銭の支払」（第10条の2）のことです。
事業者や市町村、消費者が連携して、社会全体としてリサイクル（再商品化）の合理化・効率化に取り組むという考えに基づき、効率化が図られた場合は、その成果を事業者から市町村に拠出する、という連携の仕組みと言えます。

■再商品化合理化拠出金

再商品化に実際にかかった費用があらかじめかかるであろうと想定されていた額を下回った場合に、その差額の1/2に相当する金額が特定事業者から市町村へ再商品化合理化拠出金として拠出されます。拠出金のうち、その1/2は品質の優良な市町村に支払われ、1/2は費用の低減に貢献した市町村に支払われます。

1995年に施行された容器包装リサイクル法は、その後法に記載された施行10年後の１回目の見直しを行い、2008年に改正施行（現行法）されました。現在、改正容リ法の付則に記載された5年後の見直し（通算2回目）により、2013年9月より経産省・環境省共催による産構審中環審の合同会合が開催されています。（農水省の懇談会は終了しました）

家庭から排出され市町村が収集するPETボトルを含む容器包装廃棄物は容リ法で扱う対象となります。事業所から排出する廃棄物は原則として廃棄物処理法（廃掃法）に則り事業者自ら処理する責任があるため、容リ法（法律で消費者・自治体・事業者の役割分担が定められている）の対象外となります。
店頭回収品は家庭から排出しスーパー･コンビニ等の事業所に持ち込まれるため、自治体が扱うべきなのか、事業者が扱うべきなのか、自治体（都道府県あるいは市区町村）によって解釈・判断が異なります。また、使用済みPETボトルは有価物となることが多く、売却益が出るものは廃棄物には当たらないと判断することもある様です。
多くの自治体はPETボトルの店頭回収について、事業者自らがリサイクルを行うことを認めています。事実、大手スーパー等が加盟するチェーンストア協会の調査でも、PETボトルは牛乳パックや白色トレーを抑え、店頭回収量の№１品目となっています。
他方、名古屋市の様に、店頭回収を行政収集（容リ法の対象）の拠点と位置づけ、店舗から自治体が収集する事例もあります。最近、東京都がPETボトルの店頭回収を中止すると発表し話題となりましたが、店頭回収に頼らず自治体自らが家庭から収集するPETボトルの行政収集量（容リ法の対象）を増やそうとする動きもあります。
しかし、収集日の限られる行政収集よりも、日々の買物のついでに分別排出できるスーパー･コンビニ等の店頭回収を選択する消費者もいらっしゃると思います。店頭回収を推進する小売事業者の中には、顧客対応の一環として、PETボトルの自動回収機を導入したり、買物ポイントを付与する企業もあります。
この様に、店頭回収をめぐるPETボトルのリサイクル事情は多様です。